Il n’y a pas trop de 85 universités en France, car un enseignement supérieur de qualité doit savoir jouer la carte de la proximité géographique, mais leur taille est souvent modeste, aussi bien à l’échelon national qu’européen.
Pour atteindre une dimension plus importante, les universités de Bourgogne et de Franche-Comté ont décidé d’unir leurs forces depuis l'année 2007 en créant un Pôle de Recherche et d’Enseignement Supérieur (PRES) « Bourgogne – Franche-Comté Universités ».
Ensemble, elles ne pèsent pas moins de 55 000 étudiants, 2 500 enseignants- chercheurs, une soixantaine de laboratoires de recherche, plus de 2 000 doctorants et près de 2 500 personnels administratifs.
Ensemble, elles suscitent surtout une dynamique nouvelle dans tous les domaines, qu’il s’agisse de l’enseignement, de la recherche ou des activités transversales.

Une plus grande mobilité internationale des étudiants.
Le volet recherche dégage quatre axes fédérateurs : connaissance de l’instrumentation, optique et neuro-technologies, matériaux et nano-sicences ; biologie, interactions santé-société, via l’imagerie ; sécurité alimentaire et environnement et sciences de la société et des identités territoriales.
L’harmonisation des formations, licences comprises, avec habilitation commune, deviendra une réalité d’ici 2010.
L’extension de l’Institut Polytech de Bourgogne à la Franche-Comté est en cours de constitution, en fédérant toutes les formations d’ingénieurs. La mutualisation des moyens favorisera, de son côté, une meilleure orientation et insertion des étudiants.
Au niveau des relations internationales, une plus grande mobilité étudiante devrait se faire jour, avec notamment la présentation conjointe de réponses aux appels d’offres européens et des candidatures communes aux collèges doctoraux internationaux. Dès 2009, d’un point de vue logistique, quatre navettes par jour relieront par l’autoroute les deux universités.
Tous ces efforts de rapprochements se font avec le soutien des deux conseils régionaux et dans le respect de l’identité propre des deux universités régionales

Favoriser la collaboration tout en préservant l’identité de chacun des partenaires, tel est l’objectif délicat mais nécessaire du PRES.